تكرارية W-D الأربعينية

WD domain, G-beta repeat
مبيان شريط of the C-terminal WD40 domain of Tup1 (a transcriptional corepressor in yeast), which adopts a 7-bladed beta-propeller fold. Ribbon is colored from blue (نهاية أمينية) to red (نهاية كربوكسيلية).[1]
معرف
رمز WD40
قاعدة بيانات عوائل البروتينات PF00400
قاعدة بيانات عوائل البروتينات clan CL0186
إنتربرو IPR001680
بروسايت PDOC00574
قاعدة بيانات التصنيف الهيكلي للبروتينات 1gp2
تراكيب PDB المتوفرة:
1b9x, 1b9y, 1erj, 1gg2, 1got, 1gp2, 1gxr, 1nex, 1nr0, 1omw, 1p22, 1pev, 1pgu, 1pi6, 1s4u, 1sq9, 1tbg, 1u4c, 1xhm, 1yfq, 2bcj, 2ce8, 2ce9, 2trc

تكرارية W-D الأربعينية (أو WD أو تكرارية WD40 أو تكرارية β-ترانسدُسين) هي طابع بِنيَوي قصير مبني على حوالي 40 حمضًا أمينيًّا، وينتهي عادة بثنائية التربتوفان-حمض الأسبارتيك (W-D).[2] تُطوى النسخ الترادفية لهذه التكراريات عادة معًا لتشكل نطاقًا دائريًّا لولبيًّا بروتينيًّا يسمى نطاق W-D الأربعيني.

البنية

البروتينات الحاوية على نطاق W-D الأربعيني تتضمن من 4 إلى 16 وحدة متكررة، يُعتقد أن كلها تشكل بنية مروحية بائية (لاحظ الشكل على اليسار).[3][4] يحوي نطاق W-D الأربعيني عددًا من التكراريات، منطقة متغيرة تحتوي في بدايتها على حوالي 20 بقية تليها مجموعة بقيات متكررة أكثر شيوعًا. تشكل هذه التكراريات عادة أربع صحف بائية عكسية التوازي (يُشار إليها بالشفرات). تجتمع هذه الشفرات مُشكِّلةً مراوح أكثرها شيوعا هي المراوح البائية سُباعية الشفرات. تتشابك تلك الشفرات بحيث تشكل آخر سلسلة بائية في تكرارية بنية شفرة ثلاثية الأبعاد مع السلاسل الثلاث الأولى في التكرارية التي تليها.

الوظيفة

بروتينات تكرارية WD40 تشكل عائلة شاسعة تتواجد في كل حقيقيات النوى وتتدخل في وظائف متنوعة كتنبيغ الإشارات ، تنظيم النسخ، التحكم في الدورة الخلوية، وحتى الالتهام الذاتي والاستماتة.[5] الوظيفة المشتركة بين كل بروتينات تكرارية WD40 هي تنسيق مُجمَّعات مُركَّبة متعددة البروتينات، حيث تعمل الوحدات المتكررة كسقالة للتآثرات البروتينية. يُحدَّد اختصاص البروتين بالتسلسلات خارج التكراريات نفسِها. من الأمثلة على هذه المُركَّبات توجد بروتينات G (فوحداتها الفرعية البائية بمثابة مروحية بائية)، عامل نسخ TAFII، وليغاز اليوبيكويتين E3.[3][4]

الأمثلة

وفقًا للتحليل الأولي للمجموع المورثي البشري، فإن تكرارية W-D الأربعينية هي ثامن أكبر عائلة بروتينات. تُعرِّف على 277 بروتينًا يحتويها.[6] منَ المورثات البشرية التي تشفر بروتينات تحتوي على هذا النطاق ما يلي:

  • AAAS، AAMP، AHI1، AMBRA1، APAF1، ARPC1A، ARPC1B، ATG16L1,
  • BOP1، BRWD1، BRWD3، BTRC، BUB3,
  • C6orf11، CDC20، CDC40، CDRT1، CHAF1B، CIAO1، CIRH1A، COPA، COPB2، CORO1A، CORO1B، CORO1C، CORO2A، CORO2B، CORO6، CORO7، CSTF1,
  • DDB2، DENND3، DMWD، DMXL1، DMXL2، DNAI1، DNAI2، DNCI1، DTL، DYNC1I1، DYNC1I2، EDC4,
  • EED، EIF3S2، ELP2، EML1، EML2، EML3، EML4، EML4-ALK، EML5، ERCC8,
  • FBXW10، FBXW11، FBXW2، FBXW4، FBXW5، FBXW7، FBXW8، FBXW9، FZR1,
  • GBL, GEMIN5، GNB1، GNB1L، GNB2، GNB2L1، GNB3، GNB4، GNB5، GRWD1، GTF3C2,
  • HERC1، HIRA، HZGJ,
  • IFT121، IFT122، IFT140، IFT172، IFT80، IQWD1,
  • KATNB1، KIAA1336، KIF21A، KIF21B، KM-PA-2,
  • KEAP1,
  • LLGL1، LLGL2، LRBA، LRRK1، LRRK2، LRWD1، LYST,
  • MAPKBP1، MED16، MORG1,
  • NBEA، NBEAL1، NEDD1، NLE1، NSMAF، NUP37، NUP43، NWD1,
  • PAAF1، PAFAH1B1، PAK1IP1، PEX7، PHIP، PIK3R4، PLAA، PLRG1، PPP2R2A، PPP2R2B، PPP2R2C، PPP2R2D، PPWD1، PREB، PRPF19، PRPF4، PWP1، PWP2,
  • RAE1، RPTOR، RBBP4، RBBP5، RBBP7، RFWD2، RFWD3، RRP9,
  • SCAP، SEC13، SEC31A، SEC31B، SEH1L، SHKBP1، SMU1، SPAG16, SPG, STRAP، STRN، STRN3، STRN4، STXBP5، STXBP5L,
  • TAF5، TAF5L، TBL1X، TBL1XR1، TBL1Y، TBL2، TBL3، TEP1، THOC3، THOC6، TLE1، TLE2، TLE3، TLE4، TLE6، TRAF7، TSSC1، TULP4، TUWD12,
  • UTP15، UTP18,
  • WAIT1، WDF3، WDFY1، WDFY2، WDFY3، WDFY4، WDHD1، WDR1، WDR10، WDR11، WDR12، WDR13، WDR16، WDR17، WDR18، WDR19، WDR20، WDR21A، WDR21C، WDR22، WDR23، WDR24، WDR25، WDR26، WDR27، WDR3، WDR31، WDR32، WDR33، WDR34، WDR35، WDR36، WDR37، WDR38، WDR4، WDR40A، WDR40B، WDR40C، WDR41، WDR42A، WDR42B، WDR43، WDR44، WDR46، WDR47، WDR48، WDR49، WDR5، WDR51A، WDR51B، WDR52، WDR53، WDR54، WDR55، WDR57، WDR59، WDR5B، WDR6، WDR60، WDR61، WDR62، WDR63، WDR64، WDR65، WDR66، WDR67، WDR68، WDR69، WDR7، WDR70، WDR72، WDR73، WDR74، WDR75، WDR76، WDR77، WDR78، WDR79، WDR8، WDR81، WDR82، WDR85، WDR86، WDR88، WDR89، WDR90، WDR91، WDR92، WDSOF1، WDSUB1، WDTC1، WSB1، WSB2,
  • ZFP106
مورثة حاوية على

تكرارية WD40

أسماء أخرى للمورثة NCBI Entrez

Gene ID

أمراض بشرية تتعلق بطفرات فيها
WDR1 AIP1; NORI-1; HEL-S-52 9948
WDR2 CORO2A؛ IR10; CLIPINB 7464
WDR3 DIP2; UTP12 10885
WDR4 TRM82; TRMT82 10785
WDR5 SWD3; BIG-3; CFAP89 11091
WDR6 11180
WDR7 TRAG; KIAA0541; Rabconnectin 3 beta 23335
WDR8 WRAP73 49856
WDR9 BRWD1؛ N143; C21orf107 54014
WDR10 IFT122؛ CED; SPG; CED1; WDR10p; WDR140 55764 متلازمة سنسنبرينر
WDR11 DR11; HH14; BRWD2; WDR15 55717 متلازمة كالمان
WDR12 YTM1 55759
WDR13 MG21 64743
WDR14 GNB1L؛ GY2; FKSG1; WDVCF; DGCRK3 54584
WDR15 WDR11
WDR16 CFAP52؛ WDRPUH 146845
WDR17 116966
WDR18 Ipi3 57418
WDR19 ATD5; CED4; DYF-2; ORF26; Oseg6; PWDMP; SRTD5; IFT144; NPHP13 57728 متلازمة سنسنبرينر، خلل التنسج الصدري الخانق
WDR20 DMR 91833
WDR21 DCAF4؛ WDR21A 26094
WDR22 DCAF5؛ BCRG2; BCRP2 8816
WDR23 DCAF11؛ GL014; PRO2389 80344
WDR24 JFP7; C16orf21 84219
WDR25 C14orf67 79446
WDR26 CDW2; GID7; MIP2 80232
WDR27 253769
WDR28 GRWD1; CDW4; GRWD; RRB1 83743
WDR29 SPAG16؛ PF20 79582
WDR30 ATG16L1؛ IBD10; APG16L; ATG16A; ATG16L 55054 داء كرون
WDR31 114987
WDR32 DCAF10 79269
WDR33 NET14; WDC146 55339
WDR34 DIC5; FAP133; SRTD11 89891 خلل التنسج الصدري الخانق
WDR35 CED2; IFTA1; SRTD7; IFT121 57539 متلازمة سنسنبرينر
WDR36 GLC1G; UTP21; TAWDRP; TA-WDRP 134430 زرق أولي مفتوح الزاوية
WDR37 22884
WDR38 401551
WDR39 CIAO1؛ CIA1 9391
WDR40A DCAF12؛ CT102; TCC52; KIAA1892 25853
WDR41 MSTP048 55255
WDR43 UTP5; NET12 23160
WDR44 RPH11; RAB11BP 54521
WDR45 JM5; NBIA4; NBIA5; WDRX1; WIPI4; WIPI-4 11152 تنكس عصبي مرتبط ببروتين مروحية بائية (BPAN)
WDR46 UTP7; BING4; FP221; C6orf11 9277
WDR47 NEMITIN; KIAA0893 22911
WDR48 P80; UAF1; SPG60 57599
WDR49 151790
WDR50 UTP18؛ CGI-48 51096
WDR52 CFAP44 55779
WDR53 348793
WDR54 84058
WDR55 54853
WDR56 IFT80؛ ATD2; SRTD2 57560 خلل التنسج الصدري الخانق
WDR57 SNRNP40؛ SPF38; PRP8BP; HPRP8BP; PRPF8BP 9410
WDR58 THOC6؛ BBIS; fSAP35 79228
WDR59 FP977 79726
WDR60 SRPS6; SRTD8; FAP163 55112 خلل التنسج الصدري الخانق
WDR61 SKI8; REC14 80349
WDR62 MCPH2; C19orf14 284403 صَعَل
WDR63 DIC3; NYD-SP29 126820
WDR64 128025
WDR65 CFAP57؛ VWS2 149465 متلازمة فان ديغ فوده
WDR66 CaM-IP4 144406
WDR67 TBC1D31؛ Gm85 93594
WDR68 DCAF7؛ AN11; HAN11; SWAN-1 10238
WDR69 DAW1؛ ODA16 164781
WDR70 55100
WDR71 PAAF1؛ PAAF; Rpn14 80227
WDR72 AI2A3 256764 تخلق الميناء الناقص
WDR73 HSPC264 84942
WDR74 54663
WDR75 NET16; UTP17 84128
WDR76 CDW14 79968
WDR77 p44; MEP50; MEP-50; HKMT1069; Nbla10071; p44/Mep50 79084
WDR78 DIC4 79819
WDR79 WRAP53؛ DKCB3; TCAB1 55135
WDR80 ATG16L؛ ATG16B 89849
WDR81 CAMRQ2; PPP1R166 124997 متلازمة الرنح المُخيخي، التخلف العقلي واختلال التوازن الثانية
WDR82 SWD2; MST107; WDR82A; MSTP107; PRO2730; TMEM113; PRO34047 80335
WDR83 MORG1 84292
WDR84 PAK1IP1؛ PIP1; MAK11 55003
WDR85 DPH7؛ RRT2; C9orf112 92715
WDR86 349136
WDR87 NYD-SP11 83889
WDR88 PQWD 126248
WDR89 MSTP050; C14orf150 112840
WDR90 C16orf15; C16orf16; C16orf17; C16orf18; C16orf19 197335
WDR91 HSPC049 29062
WDR92 MONAD 116143
WDR93 56964
WDR94 AMBRA1؛ DCAF3 55626
WDR96 CFAP43؛ C10orf79 80217

مراجع

  1. ^ ببب: 1erj; Sprague ER، Redd MJ، Johnson AD، Wolberger C (يونيو 2000). "Structure of the C-terminal domain of Tup1, a corepressor of transcription in yeast". EMBO J. ج. 19 ع. 12: 3016–27. DOI:10.1093/emboj/19.12.3016. PMC:203344. PMID:10856245.
  2. ^ Neer EJ، Schmidt CJ، Nambudripad R، Smith TF (سبتمبر 1994). "The ancient regulatory-protein family of WD-repeat proteins". Nature. ج. 371 ع. 6495: 297–300. Bibcode:1994Natur.371..297N. DOI:10.1038/371297a0. PMID:8090199. S2CID:600856.
  3. ^ ا ب Smith TF، Gaitatzes C، Saxena K، Neer EJ (مايو 1999). "The WD40 repeat: a common architecture for diverse functions". Trends Biochem. Sci. ج. 24 ع. 5: 181–5. DOI:10.1016/S0968-0004(99)01384-5. PMID:10322433.
  4. ^ ا ب Li D، Roberts R (ديسمبر 2001). "WD-repeat proteins: structure characteristics, biological function, and their involvement in human diseases". Cell. Mol. Life Sci. ج. 58 ع. 14: 2085–97. DOI:10.1007/PL00000838. PMC:11337334. PMID:11814058. S2CID:20646422.
  5. ^ Stirnimann CU، Petsalaki E، Russell RB، Müller CW (مايو 2010). "WD40 proteins propel cellular networks". Trends Biochem. Sci. ج. 35 ع. 10: 565–74. DOI:10.1016/j.tibs.2010.04.003. PMID:20451393.
  6. ^ Lander ES، Linton LM، Birren B، وآخرون (فبراير 2001). "Initial sequencing and analysis of the human genome" (PDF). Nature. ج. 409 ع. 6822: 860–921. DOI:10.1038/35057062. PMID:11237011. مؤرشف من الأصل (PDF) في 2024-08-22.
  • أيقونة بوابةبوابة الكيمياء الحيوية