El Tour de Flandes 2006, la 90.ª edición de esta clásica ciclistabelga. Se disputó el 2 de abril de 2006.
El equipo Quick Step-Innergetic mantuvo el control de la carrera en todo momento, y el único ataque vino del ciclista del Discovery Channel Leif Hoste. El capitán del Quick Step-Innergetic, Tom Boonen, siguió el ataque de Hoste y se impuso con facilidad al esprint. El compañero de equipo de Hoste, George Hincapie, completó el podio.
↑(en) Six former Armstrong USPS teammates receive bans from USADA, cyclingnews.com, 10 de octubre de 2012.
↑En octubre de 2012, George Hincapie fue suspendido durante 6 meses y los resultados obtenidos entre el 31/5/2004 y el 31/7/2006 fueron anulados.
↑En agosto de 2013, Andreas Klier fue suspendido durante 6 meses y los resultados obtenidos después del 21/7/2005 hasta el final de su carrera fueron anulados.