Terri Attwood
![]() Portret Terri Attwood wykonany przez Lindę Bussey | |
Data urodzenia | 20 listopada 1959 |
---|---|
Zawód, zajęcie | bioinformatyk |
Odznaczenia | |
Royal Society University Research Fellow | |
Strona internetowa |
Teresa (Terri) K. Attwood (ur. 20 listopada 1959[1]) – profesor bioinformatyki w School of Computer Science i School of Health Sciences na uniwersytecie w Manchesterze. Nagrodzona uniwersyteckim stypendium badawczym od Royal Society[2] oraz stypendium dla wizytującego pracownika naukowego w Europejskim Instytucie Bioinformatyki (EMBL-EBI)[3].
Edukacja
Attwood uzyskała tytuł licencjata w dziedzinie biofizyki na Uniwersytecie w Leeds w 1982 roku. Dwa lata później w 1984 roku uzyskała tytuł doktora również w zakresie biofizyki pod kierownictwem Johna E. Lydona, studiując chromoniczne fazy pośrednie[4]. Attwood odbyła staż podoktorski w Leeds, następnie od 1993 roku przez pięć lat pracowała na University College London, aby w końcu przenieść się do Uniwersytetu w Manchesterze w 1999 roku[5].
Badania
Jej badania skupiają się na dopasowywaniu sekwencji i analizie białek[6][7].
Zainspirowana stworzeniem PROSITE, Attwood opracowała metodę pomiaru mas peptydów powstałych przez degradację białka i wykorzystała ją do stworzenia bazy danych PRINTS[8][9][10]. Razem z Amosem Bairoch ujednoliciła klasyfikację i adnotacje rodziny białek. W 1997 roku Attwood, Bairoch i Rolf Aqweiler otrzymali grant z Unii Europejskiej w celu utworzenia InterPro[11], gdzie partnerami były takie organizacje jak Pfam, ProDom i Swiss-prot/ТrEMBL[12].
Attwood prowadziła duże projekty, w tym konsorcjum text mining BioMinT FP5[13], bioinformatyczne konsorcjum edukacyjne EMBER[14] (łącznie z partnerami EBI i szwajcarskim Instytutem Bioinformatyki) i platformę EPSRC PARADIGM[15]. W Manchesterze jest kierownikiem projektów SeqAhead (sieć analizy danych sekwencjonowania nowej generacji)[16] i AllBio (infrastruktury bioinformatycznej dla nauk o jednokomórkowcach, zwierzętach i roślinach)[17], była również kierownikiem projektów EMBRACE w Manchesterze[18] i EuroKUP (European Kidney and Urine Proteomics)[19]. Podczas fazy wstępnej projektu Attwood była członkiem ELIXIR – komitetu strategii szkolenia bioinformatycznego (pakiet roboczy nr 11)[20]. Obecnie jest przewodniczącym globalnej sieci bioinformatyki EMBnet, była członkiem komitetu wykonawczego International Society for Biocuration i sieci szkolenia bioinformatycznego, została wybrana do zarządu Międzynarodowego Stowarzyszenia Biologii Obliczeniowej. W 2012 roku zainicjowała stworzenie Globalnej Organizacji Nauki, Edukacji i Szkoleń Bioinformatycznych (ang. GOBLET), we współpracy z dużymi stowarzyszeniami, sieciami i organizacjami zajmującymi się bioinformatyką, biologią obliczeniową i biokuracją. Od 2016 roku Attwood jest prezesem zarządu GOBLET[21].
Poza byciem biokuratorką[22] opracowała narzędzia do dopasowania i wizualizacji sekwencji białkowych i struktur, w tym Ambrozję i CINEMA[23][24]. Jej grupa buduje komponenty oprogramowania do tworzenia użytecznych aplikacji bioinformatycznych za pomocą narzędzi UTOPIA[25][26] i opracowuje nowe podejścia do automatycznego objaśniania i analizy tekstu, jak PRECIS[27], METIS[28], BioIE[29], i podejścia semantyczne do integracji danych[30], takie jak semantyczny Biochemical Journal[31] publikowany przez Portland Press. Narzędzia UTOPII opierają się o zarówno semantyczny Biochemical Journal, jak i wspólny projekt z Pfizerem i АstraZeneką, służący do rozwoju interfejsu XXI wieku dla literatury biomedycznej i zarządzenia danymi.
Badania Attwood były sponsorowane przez Engineering and Physical Sciences Research Council[32], Biotechnology and Biological Sciences Research Council, Wellcome Trust, Unię Europejską i partnerów przemysłowych.
Attwood zasiada w redakcji czasopism Biochemical Journal[33], Database: The Journal of Biological Databases and Curation[34], Molecular and Cellular Proteomics, Journal of Molecular Graphics and Modelling i czasopisma EMBnet.journal.
Dydaktyka
Attwood wykłada na studiach licencjackich i magisterskich, była doradczynią i promotorką wielu doktorantów. Attwood jest współautorką kilku rozdziałów książek i dwóch popularnych podręczników bioinformatyki: Introduction to Bioinformatics[35] i Bioinformatics and Molecular Evolution[36].
Przypisy
- ↑ Katalog Biblioteki Kongresu
- ↑ University Research Fellowship | Royal Society. [dostęp 2012-06-11].
- ↑ Attwood, Teresa. www.scopus.com.
- ↑ Teresa K.T.K. Attwood Teresa K.T.K., Chromonic mesophases, University of Leeds, 1984 [dostęp 2016-12-23] [zarchiwizowane z adresu 2016-02-03] .
- ↑ Prof Teresa Attwood. www.research.manchester.ac.uk.
- ↑ Terri Attwood. dblp.org.
- ↑ Terri Attwood. scholar.google.pl.
- ↑ Teresa K.T.K. Attwood Teresa K.T.K. i inni, The PRINTS database: A fine-grained protein sequence annotation and analysis resource--its status in 2012, „Database”, 2012, 2012, bas019, DOI: 10.1093/database/bas019, PMID: 22508994, PMCID: PMC3326521 .
- ↑ T.K.T.K. Attwood T.K.T.K. i inni, PRINTS-S: The database formerly known as PRINTS, „Nucleic Acids Research”, 28 (1), 2000, s. 225–227, DOI: 10.1093/nar/28.1.225, PMID: 10592232, PMCID: PMC102408 .
- ↑ T.K.T.K. Attwood T.K.T.K. i inni, PRINTS and its automatic supplement, prePRINTS, „Nucleic Acids Research”, 31 (1), 2003, s. 400–402, DOI: 10.1093/nar/gkg030, PMID: 12520033, PMCID: PMC165477 .
- ↑ R.R. Apweiler R.R. i inni, The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites, „Nucleic Acids Research”, 29 (1), 2001, s. 37–40, DOI: 10.1093/nar/29.1.37, PMID: 11125043, PMCID: PMC29841 .
- ↑ R.R. Apweiler R.R. i inni, InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites, „Bioinformatics”, 16 (12), 2000, s. 1145–1150, DOI: 10.1093/bioinformatics/16.12.1145, PMID: 11159333 .
- ↑ BioMinT: Biological Text Mining EU FP5 Quality of Life Project. [dostęp 2016-12-23]. [zarchiwizowane z tego adresu (2012-07-25)].
- ↑ EMBER - European Multimedia Bioinformatics Educational Resource
- ↑ Platform grant: PARADIGM - Platform for Annotation, Robust Analysis, Data Integration & Genome Management. [dostęp 2012-07-25].
- ↑ COST Action: NGS-Data Analysis Network. [dostęp 2012-07-25].
- ↑ start – AllBio. [dostęp 2016-12-23]. [zarchiwizowane z tego adresu (2012-07-25)].
- ↑ SteveS. Pettifer SteveS. i inni, The EMBRACE web service collection, „Nucleic Acids Research”, 38 (suppl_2), 2010, W683–W688, DOI: 10.1093/nar/gkq297, PMID: 20462862, PMCID: PMC2896104 .
- ↑ European Kidney and Urine Proteomics | Eurokup. [dostęp 2012-07-25]. [zarchiwizowane z tego adresu (2008-12-08)].
- ↑ Welcome to ELIXIR. [dostęp 2012-07-26].
- ↑ Committees | GOBLET. [dostęp 2016-08-24]. [zarchiwizowane z tego adresu (2017-09-29)].
- ↑ SarahS. Burge SarahS. i inni, Biocurators and Biocuration: Surveying the 21st century challenges, „Database”, 2012, 2012, bar059, DOI: 10.1093/database/bar059, PMID: 22434828, PMCID: PMC3308150 .
- ↑ P. W. Lord, J. N. Selley, T. K. Attwood. CINEMA-MX: A modular multiple alignment editor. „Bioinformatics”. 18 (10), s. 1402–1403, 2002. DOI: 10.1093/bioinformatics/18.10.1402. PMID: 12376388.
- ↑ D. J. Parry-Smith, A. W. R. Payne, A. D. Michie, T. K. Attwood. CINEMA—a novel Colour INteractive Editor for Multiple Alignments. „Gene”. 221 (1), s. GC57–GC63, 1998. DOI: 10.1016/S0378-1119(97)00650-1. PMID: 9852962.
- ↑ T.K.T.K. Attwood T.K.T.K. i inni, Utopia documents: Linking scholarly literature with research data, „Bioinformatics”, 26 (18), 2010, i568–i574, DOI: 10.1093/bioinformatics/btq383, PMID: 20823323, PMCID: PMC2935404 .
- ↑ S. R. Pettifer, J. R. Sinnott, T. K. Attwood. UTOPIA—User-Friendly Tools for Operating Informatics Applications. „Comparative and Functional Genomics”. 5 (1), s. 56–60, 2004. DOI: 10.1002/cfg.359. PMID: 18629035. PMCID: PMC2447318.
- ↑ A. L. Mitchell, J. R. Reich, T. K. Attwood. PRECIS: Protein reports engineered from concise information in SWISS-PROT. „Bioinformatics (Oxford, England)”. 19 (13), s. 1664–1671, 2003. DOI: 10.1093/bioinformatics/btg204. PMID: 12967963.
- ↑ A.L.A.L. Mitchell A.L.A.L. i inni, METIS: Multiple extraction techniques for informative sentences, „Bioinformatics”, 21 (22), 2005, s. 4196–4197, DOI: 10.1093/bioinformatics/bti675, PMID: 16159915 .
- ↑ A. Divoli, T. K. Attwood. BioIE: Extracting informative sentences from the biomedical literature. „Bioinformatics”. 21 (9), s. 2138–2139, 2005. DOI: 10.1093/bioinformatics/bti296. PMID: 15691860.
- ↑ SteveS. Pettifer SteveS. i inni, Visualising biological data: A semantic approach to tool and database integration, „BMC Bioinformatics”, 10 (Suppl 6), 2009, S19, DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S19, PMID: 19534744, PMCID: PMC2697642 .
- ↑ Teresa K.T.K. Attwood Teresa K.T.K. i inni, Calling International Rescue: Knowledge lost in literature and data landslide!, „Biochemical Journal”, 424 (3), 2009, s. 317–333, DOI: 10.1042/BJ20091474, PMID: 19929850, PMCID: PMC2805925 .
- ↑ Grants awarded to Terri Attwood by the EPSRC. [dostęp 2012-07-25].
- ↑ Biochemical Journal Editorial Board. [dostęp 2012-07-25]. [zarchiwizowane z tego adresu (2015-06-07)].
- ↑ Oxford Journals | Life Sciences | Database | Editorial board. [dostęp 2012-07-25].
- ↑ Parry-Smith, David J., Attwood, Teresa K.: Introduction to bioinformatics. New York: Longman, 1999. ISBN 0-582-32788-1.
- ↑ Attwood, Teresa K., Higgs, Paul: Bioinformatics And Molecular Evolution. Cambridge, MA: Blackwell Publishers, 2005. ISBN 1-4051-0683-2.
- Scopus: 7006175614, 57193816586
- Dimensions: 01321315464.34
- Google Scholar: KxmNAYIAAAAJ