HDAC9

HDAC9
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

1TQE

Ідентифікатори
Символи HDAC9, HD7, HD7b, HD9, HDAC, HDAC7, HDAC7B, HDAC9B, HDAC9FL, HDRP, MITR, histone deacetylase 9
Зовнішні ІД OMIM: 606543 MGI: 1931221 HomoloGene: 128578 GeneCards: HDAC9
Пов'язані генетичні захворювання
ожиріння, інсульт, неспецифічний виразковий коліт, цереброваскулярні хвороби[1]
Реагує на сполуку
belinostat, entinostat, givinostat, panobinostat, quisinostat, romidepsin, trichostatin A, золінза[2]
Онтологія гена
Молекулярна функція

NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific)
GO:0001106 transcription corepressor activity
histone deacetylase activity
protein deacetylase activity
transcription factor binding
histone deacetylase binding
зв'язування з іоном металу
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
hydrolase activity
protein kinase C binding
histone deacetylase activity (H4-K16 specific)

Клітинна компонента

цитоплазма
histone deacetylase complex
transcription regulator complex
нуклеоплазма
клітинне ядро
histone methyltransferase complex

Біологічний процес

histone H3 deacetylation
peptidyl-lysine deacetylation
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis
response to amphetamine
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
regulation of striated muscle cell differentiation
transcription, DNA-templated
B cell activation
heart development
histone H4 deacetylation
neuron differentiation
cellular response to insulin stimulus
regulation of skeletal muscle fiber development
B cell differentiation
inflammatory response
GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
histone deacetylation
cholesterol homeostasis
negative regulation of lipoprotein lipase activity
histone H4-K16 deacetylation

Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
9734
79221
Ensembl
ENSG00000048052
ENSMUSG00000004698
UniProt
Q9UKV0
Q99N13
RefSeq (мРНК)
NM_001204144
NM_001204145
NM_001204146
NM_001204147
NM_001204148
NM_014707
NM_058176
NM_058177
NM_178423
NM_178425
NM_001321868
NM_001321869
NM_001321870
NM_001321871
NM_001321872
NM_001321873
NM_001321874
NM_001321875
NM_001321876
NM_001321877
NM_001321878
NM_001321879
NM_001321884
NM_001321885
NM_001321886
NM_001321887
NM_001321888
NM_001321889
NM_001321890
NM_001321891
NM_001321893
NM_001321894
NM_001321895
NM_001321896
NM_001321897
NM_001321898
NM_001321899
NM_001321900
NM_001321901
NM_001321902
NM_001271386
NM_024124
RefSeq (білок)
NP_001191073
NP_001191074
NP_001191075
NP_001191076
NP_001191077
NP_001308797
NP_001308798
NP_001308799
NP_001308800
NP_001308801
NP_001308802
NP_001308803
NP_001308804
NP_001308805
NP_001308806
NP_001308807
NP_001308808
NP_001308813
NP_001308814
NP_001308815
NP_001308816
NP_001308817
NP_001308818
NP_001308819
NP_001308820
NP_001308822
NP_001308823
NP_001308824
NP_001308825
NP_001308826
NP_001308827
NP_001308828
NP_001308829
NP_001308830
NP_001308831
NP_055522
NP_478056
NP_848510
NP_848512
NP_001258315
NP_077038
Локус (UCSC) Хр. 7: 18.09 – 19 Mb Хр. 12: 34.1 – 34.97 Mb
PubMed search [3] [4]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

HDAC9 (англ. Histone deacetylase 9) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 7-ї хромосоми.[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 011 амінокислот, а молекулярна маса — 111 297[6].

Послідовність амінокислот
1020304050
MHSMISSVDVKSEVPVGLEPISPLDLRTDLRMMMPVVDPVVREKQLQQEL
LLIQQQQQIQKQLLIAEFQKQHENLTRQHQAQLQEHIKELLAIKQQQELL
EKEQKLEQQRQEQEVERHRREQQLPPLRGKDRGRERAVASTEVKQKLQEF
LLSKSATKDTPTNGKNHSVSRHPKLWYTAAHHTSLDQSSPPLSGTSPSYK
YTLPGAQDAKDDFPLRKTASEPNLKVRSRLKQKVAERRSSPLLRRKDGNV
VTSFKKRMFEVTESSVSSSSPGSGPSSPNNGPTGSVTENETSVLPPTPHA
EQMVSQQRILIHEDSMNLLSLYTSPSLPNITLGLPAVPSQLNASNSLKEK
QKCETQTLRQGVPLPGQYGGSIPASSSHPHVTLEGKPPNSSHQALLQHLL
LKEQMRQQKLLVAGGVPLHPQSPLATKERISPGIRGTHKLPRHRPLNRTQ
SAPLPQSTLAQLVIQQQHQQFLEKQKQYQQQIHMNKLLSKSIEQLKQPGS
HLEEAEEELQGDQAMQEDRAPSSGNSTRSDSSACVDDTLGQVGAVKVKEE
PVDSDEDAQIQEMESGEQAAFMQQPFLEPTHTRALSVRQAPLAAVGMDGL
EKHRLVSRTHSSPAASVLPHPAMDRPLQPGSATGIAYDPLMLKHQCVCGN
STTHPEHAGRIQSIWSRLQETGLLNKCERIQGRKASLEEIQLVHSEHHSL
LYGTNPLDGQKLDPRILLGDDSQKFFSSLPCGGLGVDSDTIWNELHSSGA
ARMAVGCVIELASKVASGELKNGFAVVRPPGHHAEESTAMGFCFFNSVAI
TAKYLRDQLNISKILIVDLDVHHGNGTQQAFYADPSILYISLHRYDEGNF
FPGSGAPNEVGTGLGEGYNINIAWTGGLDPPMGDVEYLEAFRTIVKPVAK
EFDPDMVLVSAGFDALEGHTPPLGGYKVTAKCFGHLTKQLMTLADGRVVL
ALEGGHDLTAICDASEACVNALLGNELEPLAEDILHQSPNMNAVISLQKI
IEIQSMSLKFS

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, гідролаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у ядрі.

Література

  • Zhou X., Marks P.A., Rifkind R.A., Richon V.M. (2001). Cloning and characterization of a histone deacetylase, HDAC9. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98: 10572—10577. PMID 11535832 DOI:10.1073/pnas.191375098
  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Zhou X., Richon V.M., Rifkind R.A., Marks P.A. (2000). Identification of a transcriptional repressor related to the noncatalytic domain of histone deacetylases 4 and 5. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97: 1056—1061. PMID 10655483 DOI:10.1073/pnas.97.3.1056

Примітки

  1. Захворювання, генетично пов'язані з HDAC9 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  2. Сполуки, які фізично взаємодіють з Histone deacetylase 9 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  3. Human PubMed Reference:.
  4. Mouse PubMed Reference:.
  5. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:14065 (англ.) . Архів оригіналу за 17 жовтня 2015. Процитовано 7 вересня 2017.
  6. UniProt, Q9UKV0 (англ.) . Архів оригіналу за 16 жовтня 2017. Процитовано 7 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 7
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»