HNRNPC

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1TXP, 1WF2, 2MXY, 2MZ1, 3LN4

Ідентифікатори

Символи

HNRNPC, C1, C2, HNRNP, HNRPC, SNRPC, heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C (C1/C2), heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C

Зовнішні ІД

OMIM: 164020 MGI: 107795 HomoloGene: 74524 GeneCards: HNRNPC

Пов'язані генетичні захворювання

біполярний афективний розлад^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • N6-methyladenosine-containing RNA binding • poly(U) RNA binding • mRNA 3'-UTR binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • nucleosomal DNA binding • nucleic acid binding • telomerase RNA binding • RNA binding
Клітинна компонента	• гіалоплазма • catalytic step 2 spliceosome • мембрана • нуклеоплазма • telomerase holoenzyme complex • екзосома • spliceosomal complex • клітинне ядро • actin cytoskeleton • extracellular region • GO:0009327 protein-containing complex
Біологічний процес	• negative regulation of telomere maintenance via telomerase • mRNA processing • osteoblast differentiation • 3'-UTR-mediated mRNA stabilization • mRNA splicing, via spliceosome • Сплайсинг РНК • RNA metabolic process
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


3183


15381

Ensembl


ENSG00000092199


ENSMUSG00000060373

UniProt


P07910


Q9Z204

RefSeq (мРНК)


NM_001077442 NM_001077443 NM_004500 NM_031314

NM_001170981 NM_001170982 NM_001170983 NM_001170984 NM_016884
NM_001360172 NM_001360173 NM_001360174 NM_001360175 NM_001360176 NM_001360177 NM_001360178 NM_001360179 NM_001360180 NM_001360181 NM_001360182 NM_001360183 NM_001360184

RefSeq (білок)


NP_001070910 NP_001070911 NP_004491 NP_112604

NP_001164452 NP_001164453 NP_001164454 NP_001164455 NP_058580
NP_001347101 NP_001347102 NP_001347103 NP_001347104 NP_001347105 NP_001347106 NP_001347107 NP_001347108 NP_001347109 NP_001347110 NP_001347111 NP_001347112 NP_001347113

Локус (UCSC)

Хр. 14: 21.21 – 21.27 Mb

Хр. 14: 52.31 – 52.34 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

HNRNPC (англ. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C (C1/C2)) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 14-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 306 амінокислот, а молекулярна маса — 33 670^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MASNVTNKTD	PRSMNSRVFI	GNLNTLVVKK	SDVEAIFSKY	GKIVGCSVHK
GFAFVQYVNE	RNARAAVAGE	DGRMIAGQVL	DINLAAEPKV	NRGKAGVKRS
AAEMYGSVTE	HPSPSPLLSS	SFDLDYDFQR	DYYDRMYSYP	ARVPPPPPIA
RAVVPSKRQR	VSGNTSRRGK	SGFNSKSGQR	GSSKSGKLKG	DDLQAIKKEL
TQIKQKVDSL	LENLEKIEKE	QSKQAVEMKN	DKSEEEQSSS	SVKKDETNVK
MESEGGADDS	AEEGDLLDDD	DNEDRGDDQL	ELIKDDEKEA	EEGEDDRDSA
NGEDDS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Burd C.G., Swanson M.S., Goerlach M., Dreyfuss G. (1989). Primary structures of the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2, B1, and C2 proteins: a diversity of RNA binding proteins is generated by small peptide inserts. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86: 9788—9792. PMID 2557628 DOI:10.1073/pnas.86.24.9788
Swanson M.S., Nakagawa T.Y., Levan K., Dreyfuss G. (1987). Primary structure of human nuclear ribonucleoprotein particle C proteins: conservation of sequence and domain structures in heterogeneous nuclear RNA, mRNA, and pre-rRNA-binding proteins. Mol. Cell. Biol. 7: 1731—1739. PMID 3110598 DOI:10.1128/MCB.7.5.1731
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Merrill B.M., Barnett S.F., Lestourgeon W.M., Williams K.R. (1989). Primary structure differences between proteins C1 and C2 of HeLa 40S nuclear ribonucleoprotein particles. Nucleic Acids Res. 17: 8441—8449. PMID 2587210 DOI:10.1093/nar/17.21.8441
Sebillon P., Beldjord C., Kaplan J.-C., Brody E., Marie J. (1995). A T to G mutation in the polypyrimidine tract of the second intron of the human beta-globin gene reduces in vitro splicing efficiency: evidence for an increased hnRNP C interaction. Nucleic Acids Res. 23: 3419—3425. PMID 7567451 DOI:10.1093/nar/23.17.3419
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з HNRNPC переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:5035 (англ.) . Архів оригіналу за 12 березня 2016. Процитовано 6 лютого 2017.
↑ UniProt, P07910 (англ.) . Архів оригіналу за 22 квітня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.