JMJD1C

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2YPD, 5FZO

Ідентифікатори

Символи

JMJD1C, TRIP8, TRIP-8, jumonji domain containing 1C, KDM3C

Зовнішні ІД

OMIM: 604503 MGI: 1918614 HomoloGene: 3129 GeneCards: JMJD1C

Пов'язані генетичні захворювання

ювенільний ревматоїдний артрит^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• oxidoreductase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • thyroid hormone receptor binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • chromatin DNA binding • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity
Клітинна компонента	• внутрішньоклітинний • нуклеоплазма • Хроматин • клітинне ядро
Біологічний процес	• зсідання крові • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • histone H3-K9 demethylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


221037


108829

Ensembl


ENSG00000171988


ENSMUSG00000037876

UniProt


Q15652


Q69ZK6

RefSeq (мРНК)

NM_001282948 NM_004241 NM_032776 NM_001318153 NM_001318154
NM_001322252 NM_001322254 NM_001322258


NM_001242396 NM_207221

RefSeq (білок)

NP_001269877 NP_001305082 NP_001305083 NP_001309181 NP_001309183
NP_001309187 NP_116165


NP_001229325 NP_997104

Локус (UCSC)

Хр. 10: 63.17 – 63.52 Mb

Хр. 10: 67.1 – 67.26 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

JMJD1C (англ. Jumonji domain containing 1C) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 540 амінокислот, а молекулярна маса — 284 525^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAVETRAELV	GKRFLCVAVG	DEARSERWES	GRGWRSWRAG	VIRAVSHRDS
RNPDLAVYVE	FDDLEWDKRE	WVKVYEDFST	FLVEYHLIWA	KRNDPSQTQG
SKSKQIQWPA	LTFKPLVERN	IPSSVTAVEF	LVDKQLDFLT	EDSAFQPYQD
DIDSLNPVLR	DNPQLHEEVK	VWVKEQKVQE	IFMQGPYSLN	GYRVRVYRQD
SATQWFTGII	THHDLFTRTM	IVMNDQVLEP	QNVDPSMVQM	TFLDDVVHSL
LKGENIGITS	RRRSRANQNV	NAVHSHYTRA	QANSPRPAMN	SQAAVPKQNT
HQQQQQRSIR	PNKRKGSDSS	IPDEEKMKEE	KYDYISRGEN	PKGKNKHLMN
KRRKPEEDEK	KLNMKRLRTD	NVSDFSESSD	SENSNKRIID	NSSEQKPENE
LKNKNTSKIN	GEEGKPHNNE	KAGEETLKNS	QPPWDQIQED	KKHEEAEKRK
SVDTQLQEDM	IIHSSEQSTV	SDHNSNDLLP	QECNMDKTHT	MELLPKEKFV
SRPPTPKCVI	DITNDTNLEK	VAQENSSTFG	LQTLQKMDPN	VSDSKHSIAN
AKFLETAKKD	SDQSWVSDVV	KVDLTQSSVT	NASSGNDHLN	MEKEKYVSYI
SPLSAVSVME	DKLHKRSPPP	ETIKSKLNTS	VDTHKIKSSP	SPEVVKPKIT
HSPDSVKSKA	TYVNSQATGE	RRLANKIEHE	LSRCSFHPIP	TRSSTLETTK
SPLIIDKNEH	FTVYRDPALI	GSETGANHIS	PFLSQHPFPL	HSSSHRTCLN
PGTHHPALTP	APHLLAGSSS	QTPLPTINTH	PLTSGPHHAV	HHPHLLPTVL
PGVPTASLLG	GHPRLESAHA	SSLSHLALAH	QQQQQLLQHQ	SPHLLGQAHP
SASYNQLGLY	PIIWQYPNGT	HAYSGLGLPS	SKWVHPENAV	NAEASLRRNS
PSPWLHQPTP	VTSADGIGLL	SHIPVRPSSA	EPHRPLKITA	HSSPPLTKTL
VDHHKEELER	KAFMEPLRSV	ASTSAKNDLD	LNRSQTGKDC	HLHRHFVDPV
LNQLQRPPQE	TGERLNKYKE	EHRRILQESI	DVAPFTTKIK	GLEGERENYS
RVASSSSSPK	SHIIKQDMDV	ERSVSDLYKM	KHSVPQSLPQ	SNYFTTLSNS
VVNEPPRSYP	SKEVSNIYGD	KQSNALAAAA	ANPQTLTSFI	TSLSKPPPLI
KHQPESEGLV	GKIPEHLPHQ	IASHSVTTFR	NDCRSPTHLT	VSSTNTLRSM
PALHRAPVFH	PPIHHSLERK	EGSYSSLSPP	TLTPVMPVNA	GGKVQESQKP
PTLIPEPKDS	QANFKSSSEQ	SLTEMWRPNN	NLSKEKTEWH	VEKSSGKLQA
AMASVIVRPS	SSTKTDSMPA	MQLASKDRVS	ERSSAGAHKT	DCLKLAEAGE
TGRIILPNVN	SDSVHTKSEK	NFQAVSQGSV	PSSVMSAVNT	MCNTKTDVIT
SAADTTSVSS	WGGSEVISSL	SNTILASTSS	ECVSSKSVSQ	PVAQKQECKV
STTAPVTLAS	SKTGSVVQPS	SGFSGTTDFI	HLKKHKAALA	AAQYKSSNAS
ETEPNAIKNQ	TLSASLPLDS	TVICSTINKA	NSVGNGQASQ	TSQPNYHTKL
KKAWLTRHSE	EDKNTNKMEN	SGNSVSEIIK	PCSVNLIAST	SSDIQNSVDS
KIIVDKYVKD	DKVNRRKAKR	TYESGSESGD	SDESESKSEQ	RTKRQPKPTY
KKKQNDLQKR	KGEIEEDLKP	NGVLSRSAKE	RSKLKLQSNS	NTGIPRSVLK
DWRKVKKLKQ	TGESFLQDDS	CCEIGPNLQK	CRECRLIRSK	KGEEPAHSPV
FCRFYYFRRL	SFSKNGVVRI	DGFSSPDQYD	DEAMSLWTHE	NFEDDELDIE
TSKYILDIIG	DKFCQLVTSE	KTALSWVKKD	AKIAWKRAVR	GVREMCDACE
ATLFNIHWVC	QKCGFVVCLD	CYKAKERKSS	RDKELYAWMK	CVKGQPHDHK
HLMPTQIIPG	SVLTDLLDAM	HTLREKYGIK	SHCHCTNKQN	LQVGNFPTMN
GVSQVLQNVL	NHSNKISLCM	PESQQQNTPP	KSEKNGGSSP	ESDVGTDNKL
TPPESQSPLH	WLADLAEQKA	REEKKENKEL	TLENQIKEER	EQDNSESPNG
RTSPLVSQNN	EQGSTLRDLL	TTTAGKLRVG	STDAGIAFAP	VYSMGAPSSK
SGRTMPNILD	DIIASVVENK	IPPSKTSKIN	VKPELKEEPE	ESIISAVDEN
NKLYSDIPHS	WICEKHILWL	KDYKNSSNWK	LFKECWKQGQ	PAVVSGVHKK
MNISLWKAES	ISLDFGDHQA	DLLNCKDSII	SNANVKEFWD	GFEEVSKRQK
NKSGETVVLK	LKDWPSGEDF	KTMMPARYED	LLKSLPLPEY	CNPEGKFNLA
SHLPGFFVRP	DLGPRLCSAY	GVVAAKDHDI	GTTNLHIEVS	DVVNILVYVG
IAKGNGILSK	AGILKKFEEE	DLDDILRKRL	KDSSEIPGAL	WHIYAGKDVD
KIREFLQKIS	KEQGLEVLPE	HDPIRDQSWY	VNKKLRQRLL	EEYGVRTCTL
IQFLGDAIVL	PAGALHQVQN	FHSCIQVTED	FVSPEHLVES	FHLTQELRLL
KEEINYDDKL	QVKNILYHAV	KEMVRALKIH	EDEVEDMEEN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

Wolf S.S., Patchev V.K., Obendorf M. (2007). A novel variant of the putative demethylase gene, s-JMJD1C, is a coactivator of the AR. Arch. Biochem. Biophys. 460: 56—66. PMID 17353003 DOI:10.1016/j.abb.2007.01.017
Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVI. The complete sequences of 150 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 65—73. PMID 10718198 DOI:10.1093/dnares/7.1.65
Lee J.W., Choi H.-S., Gyuris J., Brent R., Moore D.D. (1995). Two classes of proteins dependent on either the presence or absence of thyroid hormone for interaction with the thyroid hormone receptor. Mol. Endocrinol. 9: 243—254. PMID 7776974 DOI:10.1210/mend.9.2.7776974
Katoh M., Katoh M. (2003). Identification and characterization of TRIP8 gene in silico. Int. J. Mol. Med. 12: 817—821. PMID 14533015

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з JMJD1C переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:12313 (англ.) . Архів оригіналу за 1 серпня 2016. Процитовано 8 вересня 2017.
↑ UniProt, Q15652 (англ.) . Архів оригіналу за 23 вересня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.