SF3B1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2F9D, 2F9J, 2PEH, 3LQV, 4OZ1, 2FHO

Ідентифікатори

Символи

SF3B1, Hsh155, MDS, PRP10, PRPF10, SAP155, SF3b155, splicing factor 3b subunit 1

Зовнішні ІД

OMIM: 605590 MGI: 1932339 HomoloGene: 6696 GeneCards: SF3B1

Пов'язані генетичні захворювання

хронічний лімфолейкоз^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • mRNA binding • RNA binding
Клітинна компонента	• U11/U12 snRNP • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • U12-type spliceosomal complex • U2-type prespliceosome • клітинне ядро • U2 snRNP • нуклеоплазма • nuclear speck • U2-type precatalytic spliceosome
Біологічний процес	• RNA splicing, via transesterification reactions • epigenetic maintenance of chromatin in transcription-competent conformation • mRNA splicing, via spliceosome • spliceosomal complex assembly • mRNA processing • Сплайсинг РНК
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


23451


81898

Ensembl


ENSG00000115524


ENSMUSG00000025982

UniProt


O75533


Q99NB9

RefSeq (мРНК)


NM_001005526 NM_001308824 NM_012433


NM_031179

RefSeq (білок)


NP_001005526 NP_001295753 NP_036565


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 2: 197.39 – 197.44 Mb

Хр. 1: 54.99 – 55.03 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SF3B1 (англ. Splicing factor 3b subunit 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 304 амінокислот, а молекулярна маса — 145 830^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAKIAKTHED	IEAQIREIQG	KKAALDEAQG	VGLDSTGYYD	QEIYGGSDSR
FAGYVTSIAA	TELEDDDDDY	SSSTSLLGQK	KPGYHAPVAL	LNDIPQSTEQ
YDPFAEHRPP	KIADREDEYK	KHRRTMIISP	ERLDPFADGG	KTPDPKMNAR
TYMDVMREQH	LTKEEREIRQ	QLAEKAKAGE	LKVVNGAAAS	QPPSKRKRRW
DQTADQTPGA	TPKKLSSWDQ	AETPGHTPSL	RWDETPGRAK	GSETPGATPG
SKIWDPTPSH	TPAGAATPGR	GDTPGHATPG	HGGATSSARK	NRWDETPKTE
RDTPGHGSGW	AETPRTDRGG	DSIGETPTPG	ASKRKSRWDE	TPASQMGGST
PVLTPGKTPI	GTPAMNMATP	TPGHIMSMTP	EQLQAWRWER	EIDERNRPLS
DEELDAMFPE	GYKVLPPPAG	YVPIRTPARK	LTATPTPLGG	MTGFHMQTED
RTMKSVNDQP	SGNLPFLKPD	DIQYFDKLLV	DVDESTLSPE	EQKERKIMKL
LLKIKNGTPP	MRKAALRQIT	DKAREFGAGP	LFNQILPLLM	SPTLEDQERH
LLVKVIDRIL	YKLDDLVRPY	VHKILVVIEP	LLIDEDYYAR	VEGREIISNL
AKAAGLATMI	STMRPDIDNM	DEYVRNTTAR	AFAVVASALG	IPSLLPFLKA
VCKSKKSWQA	RHTGIKIVQQ	IAILMGCAIL	PHLRSLVEII	EHGLVDEQQK
VRTISALAIA	ALAEAATPYG	IESFDSVLKP	LWKGIRQHRG	KGLAAFLKAI
GYLIPLMDAE	YANYYTREVM	LILIREFQSP	DEEMKKIVLK	VVKQCCGTDG
VEANYIKTEI	LPPFFKHFWQ	HRMALDRRNY	RQLVDTTVEL	ANKVGAAEII
SRIVDDLKDE	AEQYRKMVME	TIEKIMGNLG	AADIDHKLEE	QLIDGILYAF
QEQTTEDSVM	LNGFGTVVNA	LGKRVKPYLP	QICGTVLWRL	NNKSAKVRQQ
AADLISRTAV	VMKTCQEEKL	MGHLGVVLYE	YLGEEYPEVL	GSILGALKAI
VNVIGMHKMT	PPIKDLLPRL	TPILKNRHEK	VQENCIDLVG	RIADRGAEYV
SAREWMRICF	ELLELLKAHK	KAIRRATVNT	FGYIAKAIGP	HDVLATLLNN
LKVQERQNRV	CTTVAIAIVA	ETCSPFTVLP	ALMNEYRVPE	LNVQNGVLKS
LSFLFEYIGE	MGKDYIYAVT	PLLEDALMDR	DLVHRQTASA	VVQHMSLGVY
GFGCEDSLNH	LLNYVWPNVF	ETSPHVIQAV	MGALEGLRVA	IGPCRMLQYC
LQGLFHPARK	VRDVYWKIYN	SIYIGSQDAL	IAHYPRIYND	DKNTYIRYEL
DYIL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Локалізований у ядрі.

Література

Das R., Zhou Z., Reed R. (2000). Functional association of U2 snRNP with the ATP-independent spliceosomal complex E. Mol. Cell. 5: 779—787. PMID 10882114 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80318-4
Boudrez A., Beullens M., Waelkens E., Stalmans W., Bollen M. (2002). Phosphorylation-dependent interaction between the splicing factors SAP155 and NIPP1. J. Biol. Chem. 277: 31834—31841. PMID 12105215 DOI:10.1074/jbc.M204427200
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
Golas M.M., Sander B., Will C.L., Luhrmann R., Stark H. (2003). Molecular architecture of the multiprotein splicing factor SF3b. Science. 300: 980—984. PMID 12738865 DOI:10.1126/science.1084155
Cavellan E., Asp P., Percipalle P., Oestlund Farrants A.-K. (2006). The WSTF-SNF2h chromatin remodeling complex interacts with several nuclear proteins in transcription. J. Biol. Chem. 281: 16264—16271. PMID 16603771 DOI:10.1074/jbc.M600233200
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з SF3B1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10768 (англ.) . Процитовано 6 лютого 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, O75533 (англ.) . Архів оригіналу за 25 березня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.