SKIV2L2

Ідентифікатори

Символи

MTREX, Dob1, KIAA0052, Mtr4, fSAP118, Ski2 like RNA helicase 2, Mtr4 exosome RNA helicase, SKIV2L2

Зовнішні ІД

OMIM: 618122 MGI: 1919448 HomoloGene: 6257 GeneCards: MTREX

Онтологія гена
Молекулярна функція	• RNA helicase activity • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • ATP binding • hydrolase activity • GO:0008026 helicase activity • nucleic acid binding • RNA binding
Клітинна компонента	• catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • ядерце • Екзосома • клітинне ядро • нуклеоплазма • nuclear exosome (RNase complex) • TRAMP complex
Біологічний процес	• mRNA processing • maturation of 5.8S rRNA • Сплайсинг РНК • rRNA processing • mRNA splicing, via spliceosome • Деградація РНК
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


23517


72198

Ensembl


ENSG00000039123


ENSMUSG00000016018

UniProt


P42285


Q9CZU3

RefSeq (мРНК)


NM_015360


NM_028151

RefSeq (білок)


NP_056175


NP_082427

Локус (UCSC)

Хр. 5: 55.31 – 55.43 Mb

Хр. 13: 113 – 113.06 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SKIV2L2 (англ. Ski2 like RNA helicase 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 042 амінокислот, а молекулярна маса — 117 805^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MADAFGDELF	SVFEGDSTTA	AGTKKDKEKD	KGKWKGPPGS	ADKAGKRFDG
KLQSESTNNG	KNKRDVDFEG	TDEPIFGKKP	RIEESITEDL	SLADLMPRVK
VQSVETVEGC	THEVALPAEE	DYLPLKPRVG	KAAKEYPFIL	DAFQREAIQC
VDNNQSVLVS	AHTSAGKTVC	AEYAIALALR	EKQRVIFTSP	IKALSNQKYR
EMYEEFQDVG	LMTGDVTINP	TASCLVMTTE	ILRSMLYRGS	EVMREVAWVI
FDEIHYMRDS	ERGVVWEETI	ILLPDNVHYV	FLSATIPNAR	QFAEWICHLH
KQPCHVIYTD	YRPTPLQHYI	FPAGGDGLHL	VVDENGDFRE	DNFNTAMQVL
RDAGDLAKGD	QKGRKGGTKG	PSNVFKIVKM	IMERNFQPVI	IFSFSKKDCE
AYALQMTKLD	FNTDEEKKMV	EEVFSNAIDC	LSDEDKKLPQ	VEHVLPLLKR
GIGIHHGGLL	PILKETIEIL	FSEGLIKALF	ATETFAMGIN	MPARTVLFTN
ARKFDGKDFR	WISSGEYIQM	SGRAGRRGMD	DRGIVILMVD	EKMSPTIGKQ
LLKGSADPLN	SAFHLTYNMV	LNLLRVEEIN	PEYMLEKSFY	QFQHYRAIPG
VVEKVKNSEE	QYNKIVIPNE	ESVVIYYKIR	QQLAKLGKEI	EEYIHKPKYC
LPFLQPGRLV	KVKNEGDDFG	WGVVVNFSKK	SNVKPNSGEL	DPLYVVEVLL
RCSKESLKNS	ATEAAKPAKP	DEKGEMQVVP	VLVHLLSAIS	SVRLYIPKDL
RPVDNRQSVL	KSIQEVQKRF	PDGIPLLDPI	DDMGIQDQGL	KKVIQKVEAF
EHRMYSHPLH	NDPNLETVYT	LCEKKAQIAI	DIKSAKRELK	KARTVLQMDE
LKCRKRVLRR	LGFATSSDVI	EMKGRVACEI	SSADELLLTE	MMFNGLFNDL
SAEQATALLS	CFVFQENSSE	MPKLTEQLAG	PLRQMQECAK	RIAKVSAEAK
LEIDEETYLS	SFKPHLMDVV	YTWATGATFA	HICKMTDVFE	GSIIRCMRRL
EELLRQMCQA	AKAIGNTELE	NKFAEGITKI	KRDIVFAASL	YL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, процесінг рРНК, ацетилювання, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
Schilders G., van Dijk E., Pruijn G.J.M. (2007). C1D and hMtr4p associate with the human exosome subunit PM/Scl-100 and are involved in pre-rRNA processing. Nucleic Acids Res. 35: 2564—2572. PMID 17412707 DOI:10.1093/nar/gkm082
Sloan K.E., Schneider C., Watkins N.J. (2012). Comparison of the yeast and human nuclear exosome complexes. Biochem. Soc. Trans. 40: 850—855. PMID 22817747 DOI:10.1042/BST20120061
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18734 (англ.) . Процитовано 5 вересня 2017.
↑ UniProt, P42285 (англ.) . Архів оригіналу за 29 березня 2017. Процитовано 5 вересня 2017.