SPARC (ген)

SPARC

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1BMO, 1NUB, 1SRA, 2V53

Ідентифікатори

Символи

SPARC, BM-40, ON, OI17, secreted protein acidic and cysteine rich, ONT

Зовнішні ІД

OMIM: 182120 MGI: 98373 HomoloGene: 31132 GeneCards: SPARC

Пов'язані генетичні захворювання

osteogenesis imperfecta type 17^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• calcium ion binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • extracellular matrix binding • collagen binding • extracellular matrix structural constituent
Клітинна компонента	• цитоплазма • platelet alpha granule • endocytic vesicle lumen • nuclear matrix • клітинна мембрана • внутрішньоклітинний • базальна мембрана • cell surface • platelet alpha granule membrane • мітохондрія • platelet alpha granule lumen • клітинне ядро • міжклітинний простір • везикула • extracellular region • GO:0005578 Позаклітинна матриця • синапс • collagen-containing extracellular matrix • glutamatergic synapse
Біологічний процес	• response to cytokine • response to cadmium ion • осифікація • lung development • cellular response to growth factor stimulus • response to peptide hormone • platelet degranulation • extracellular matrix organization • response to L-ascorbic acid • response to glucocorticoid • Загоєння ран • рецептор-опосередкований ендоцитоз • negative regulation of endothelial cell proliferation • positive regulation of endothelial cell migration • response to calcium ion • response to gravity • heart development • response to lipopolysaccharide • response to lead ion • regulation of cell population proliferation • negative regulation of angiogenesis • inner ear development • regulation of cell morphogenesis • response to cAMP • response to ethanol • bone development • GO:0072468 сигнальна трансдукція • pigmentation • GO:1904739 regulation of synapse organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6678


20692

Ensembl


ENSG00000113140


ENSMUSG00000018593

UniProt


P09486


P07214

RefSeq (мРНК)


NM_003118 NM_001309443 NM_001309444


NM_009242 NM_001290817

RefSeq (білок)


NP_001296372 NP_001296373 NP_003109


NP_001277746 NP_033268

Локус (UCSC)

Хр. 5: 151.66 – 151.69 Mb

Хр. 11: 55.29 – 55.31 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SPARC (англ. Secreted protein acidic and cysteine rich) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 303 амінокислот, а молекулярна маса — 34 632^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MRAWIFFLLC	LAGRALAAPQ	QEALPDETEV	VEETVAEVTE	VSVGANPVQV
EVGEFDDGAE	ETEEEVVAEN	PCQNHHCKHG	KVCELDENNT	PMCVCQDPTS
CPAPIGEFEK	VCSNDNKTFD	SSCHFFATKC	TLEGTKKGHK	LHLDYIGPCK
YIPPCLDSEL	TEFPLRMRDW	LKNVLVTLYE	RDEDNNLLTE	KQKLRVKKIH
ENEKRLEAGD	HPVELLARDF	EKNYNMYIFP	VHWQFGQLDQ	HPIDGYLSHT
ELAPLRAPLI	PMEHCTTRFF	ETCDLDNDKY	IALDEWAGCF	GIKQKDIDKD
LVI

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у такому біологічному процесі як поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з іоном міді, іонами металів, іоном кальцію. Локалізований у позаклітинному матриксі, базальній мембрані. Також секретований назовні.

Література

Lankat-Buttgereit B., Mann K., Deutzmann R., Timpl R., Krieg T. (1988). Cloning and complete amino acid sequences of human and murine basement membrane protein BM-40 (SPARC, osteonectin). FEBS Lett. 236: 352—356. PMID 3410046 DOI:10.1016/0014-5793(88)80054-1
Swaroop A., Hogan B.L.M., Francke U. (1988). Molecular analysis of the cDNA for human SPARC/osteonectin/BM-40: sequence, expression, and localization of the gene to chromosome 5q31-q33. Genomics. 2: 37—47. PMID 2838412 DOI:10.1016/0888-7543(88)90107-3
Villarreal X.C., Mann K.G., Long G.L. (1989). Structure of human osteonectin based upon analysis of cDNA and genomic sequences. Biochemistry. 28: 6483—6491. PMID 2790009 DOI:10.1021/bi00441a049
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Hunzelmann N., Hafner M., Anders S., Krieg T., Nischt R. (1998). BM-40 (osteonectin, SPARC) is expressed both in the epidermal and in the dermal compartment of adult human skin. J. Invest. Dermatol. 110: 122—126. PMID 9457905 DOI:10.1046/j.1523-1747.1998.00094.x
Hohenester E., Maurer P., Timpl R. (1997). Crystal structure of a pair of follistatin-like and EF-hand calcium-binding domains in BM-40. EMBO J. 16: 3778—3786. PMID 9233787 DOI:10.1093/emboj/16.13.3778

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з SPARC переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11219 (англ.) . Архів оригіналу за 3 квітня 2016. Процитовано 31 серпня 2017.
↑ UniProt, P09486 (англ.) . Архів оригіналу за 2 вересня 2017. Процитовано 31 серпня 2017.