SYNCRIP

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2DGU, 2MXT, 2NBB

Ідентифікатори

Символи

SYNCRIP, GRY-RBP, GRYRBP, HNRNPQ, HNRPQ1, NSAP1, PP68, hnRNP-Q, synaptotagmin binding cytoplasmic RNA interacting protein

Зовнішні ІД

OMIM: 616686 MGI: 1891690 HomoloGene: 4648 GeneCards: SYNCRIP

Онтологія гена
Молекулярна функція	• poly(A) binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • RNA binding • mRNA binding • mRNA 5'-UTR binding
Клітинна компонента	• CRD-mediated mRNA stability complex • цитоплазма • catalytic step 2 spliceosome • histone pre-mRNA 3'end processing complex • внутрішньоклітинна мембранна органела • нуклеоплазма • ендоплазматичний ретикулум • GAIT complex • spliceosomal complex • клітинне ядро • мембрана • Рибонуклеопротеїни
Біологічний процес	• CRD-mediated mRNA stabilization • mRNA splicing, via spliceosome • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • negative regulation of translation • mRNA processing • osteoblast differentiation • Сплайсинг РНК • cellular response to interferon-gamma • GO:0022415 viral process • regulation of translation
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


10492


56403

Ensembl


ENSG00000135316


ENSMUSG00000032423

UniProt


O60506


Q7TMK9

RefSeq (мРНК)

NM_001159673 NM_001159674 NM_001159675 NM_001159676 NM_001159677
NM_001253771 NM_006372


NM_001284328 NM_019666 NM_019796 NM_001311113

RefSeq (білок)

NP_001153145 NP_001153146 NP_001153147 NP_001153148 NP_001153149
NP_001240700 NP_006363


NP_001271257 NP_001298042 NP_062640 NP_062770

Локус (UCSC)

Хр. 6: 85.61 – 85.64 Mb

Хр. 9: 88.33 – 88.36 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SYNCRIP (англ. Synaptotagmin binding cytoplasmic RNA interacting protein) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 623 амінокислот, а молекулярна маса — 69 603^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MATEHVNGNG	TEEPMDTTSA	VIHSENFQTL	LDAGLPQKVA	EKLDEIYVAG
LVAHSDLDER	AIEALKEFNE	DGALAVLQQF	KDSDLSHVQN	KSAFLCGVMK
TYRQREKQGT	KVADSSKGPD	EAKIKALLER	TGYTLDVTTG	QRKYGGPPPD
SVYSGQQPSV	GTEIFVGKIP	RDLFEDELVP	LFEKAGPIWD	LRLMMDPLTG
LNRGYAFVTF	CTKEAAQEAV	KLYNNHEIRS	GKHIGVCISV	ANNRLFVGSI
PKSKTKEQIL	EEFSKVTEGL	TDVILYHQPD	DKKKNRGFCF	LEYEDHKTAA
QARRRLMSGK	VKVWGNVGTV	EWADPIEDPD	PEVMAKVKVL	FVRNLANTVT
EEILEKAFSQ	FGKLERVKKL	KDYAFIHFDE	RDGAVKAMEE	MNGKDLEGEN
IEIVFAKPPD	QKRKERKAQR	QAAKNQMYDD	YYYYGPPHMP	PPTRGRGRGG
RGGYGYPPDY	YGYEDYYDYY	GYDYHNYRGG	YEDPYYGYED	FQVGARGRGG
RGARGAAPSR	GRGAAPPRGR	AGYSQRGGPG	SARGVRGARG	GAQQQRGRGV
RGARGGRGGN	VGGKRKADGY	NQPDSKRRQT	NNQNWGSQPI	AQQPLQGGDH
SGNYGYKSEN	QEFYQDTFGQ	QWK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як регуляція трансляції, взаємодія хазяїн-вірус, процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, ендоплазматичному ретикулумі, мікросомах.

Література

Mourelatos Z., Abel L., Yong J., Kataoka N., Dreyfuss G. (2001). SMN interacts with a novel family of hnRNP and spliceosomal proteins. EMBO J. 20: 5443—5452. PMID 11574476 DOI:10.1093/emboj/20.19.5443
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Hinsby A.M., Olsen J.V., Bennett K.L., Mann M. (2003). Signaling initiated by overexpression of the fibroblast growth factor receptor-1 investigated by mass spectrometry. Mol. Cell. Proteomics. 2: 29—36. PMID 12601080 DOI:10.1074/mcp.M200075-MCP200
Lau P.P., Chang B.-H., Chan L. (2001). Two-hybrid cloning identifies an RNA-binding protein, GRY-RBP, as a component of apobec-1 editosome. Biochem. Biophys. Res. Commun. 282: 977—983. PMID 11352648 DOI:10.1006/bbrc.2001.4679
Carty S.M., Greenleaf A.L. (2002). Hyperphosphorylated C-terminal repeat domain-associating proteins in the nuclear proteome link transcription to DNA/chromatin modification and RNA processing. Mol. Cell. Proteomics. 1: 598—610. PMID 12376575 DOI:10.1074/mcp.M200029-MCP200
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:16918 (англ.) . Архів оригіналу за 18 червня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.
↑ UniProt, O60506 (англ.) . Архів оригіналу за 7 червня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.