TRA2B

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2CQC, 2KXN, 2RRA, 2RRB

Ідентифікатори

Символи

TRA2B, Htra2-beta, PPP1R156, SFRS10, SRFS10, TRA2-BETA, TRAN2B, transformer 2 beta homolog (Drosophila), transformer 2 beta homolog

Зовнішні ІД

OMIM: 602719 MGI: 106016 HomoloGene: 20965 GeneCards: TRA2B

Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleic acid binding • mRNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • poly-purine tract binding • RNA binding • protein domain specific binding • pre-mRNA binding • identical protein binding
Клітинна компонента	• клітинне ядро • nuclear inner membrane • нуклеоплазма • spliceosomal complex • Рибонуклеопротеїни
Біологічний процес	• RNA splicing, via transesterification reactions • Сплайсинг РНК • cerebral cortex regionalization • mRNA processing • negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome • embryonic brain development • mRNA splicing, via spliceosome • positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome • regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome • regulation of RNA splicing • protein complex oligomerization • cellular response to glucose stimulus
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6434


20462

Ensembl


ENSG00000136527


ENSMUSG00000022858

UniProt


P62995


P62996

RefSeq (мРНК)


NM_001243879 NM_004593


NM_009186 NM_001330554 NM_001330555

RefSeq (білок)


NP_001230808 NP_004584


NP_001317483 NP_001317484 NP_033212

Локус (UCSC)

Хр. 3: 185.91 – 185.94 Mb

Хр. 16: 22.06 – 22.08 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

TRA2B (англ. Transformer 2 beta homolog) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 288 амінокислот, а молекулярна маса — 33 666^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSDSGEQNYG	ERESRSASRS	GSAHGSGKSA	RHTPARSRSK	EDSRRSRSKS
RSRSESRSRS	RRSSRRHYTR	SRSRSRSHRR	SRSRSYSRDY	RRRHSHSHSP
MSTRRRHVGN	RANPDPNCCL	GVFGLSLYTT	ERDLREVFSK	YGPIADVSIV
YDQQSRRSRG	FAFVYFENVD	DAKEAKERAN	GMELDGRRIR	VDFSITKRPH
TPTPGIYMGR	PTYGSSRRRD	YYDRGYDRGY	DDRDYYSRSY	RGGGGGGGGW
RAAQDRDQIY	RRRSPSPYYS	RGGYRSRSRS	RSYSPRRY

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, ацетиляція, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Nayler O., Cap C., Stamm S. (1998). Human transformer-2-beta gene (SFRS10): complete nucleotide sequence, chromosomal localization, and generation of a tissue-specific isoform. Genomics. 53: 191—202. PMID 9790768 DOI:10.1006/geno.1998.5471
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Tacke R., Tohyama M., Ogawa S., Manley J.L. (1998). Human Tra2 proteins are sequence-specific activators of pre-mRNA splicing. Cell. 93: 139—148. PMID 9546399 DOI:10.1016/S0092-8674(00)81153-8
Eldridge A.G., Li Y., Sharp P.A., Blencowe B.J. (1999). The SRm160/300 splicing coactivator is required for exon-enhancer function. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96: 6125—6130. PMID 10339552 DOI:10.1073/pnas.96.11.6125
Hofmann Y., Wirth B. (2002). hnRNP-G promotes exon 7 inclusion of survival motor neuron (SMN) via direct interaction with Htra2-beta1. Hum. Mol. Genet. 11: 2037—2049. PMID 12165565 DOI:10.1093/hmg/11.17.2037
Nasim M.T., Chernova T.K., Chowdhury H.M., Yue B.G., Eperon I.C. (2003). HnRNP G and Tra2beta: opposite effects on splicing matched by antagonism in RNA binding. Hum. Mol. Genet. 12: 1337—1348. PMID 12761049 DOI:10.1093/hmg/ddg136

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10781 (англ.) . Архів оригіналу за 19 березня 2016. Процитовано 30 серпня 2017.
↑ UniProt, P62995 (англ.) . Архів оригіналу за 8 серпня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.