UPF3B

Наявні структури

Пошук для людей: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1UW4, 2XB2

Ідентифікатори

Символи

UPF3B, HMRX62, MRXS14, RENT3B, UPF3X, Upf3p-X, UPF3BP1, UPF3BP2, UPF3BP3, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B, regulator of nonsense mediated mRNA decay, UPF3B regulator of nonsense mediated mRNA decay, MRX82

Зовнішні ІД

OMIM: 300298 MGI: 1915384 HomoloGene: 11307 GeneCards: UPF3B

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • mRNA binding • GO:0005487 structural constituent of nuclear pore • nucleic acid binding • RNA binding
Клітинна компонента	• exon-exon junction complex • нуклеоплазма • центр організації мікротрубочок • ядерце • клітинне ядро • цитоплазма • гіалоплазма
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA transport • mRNA export from nucleus • positive regulation of translation • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • mRNA 3'-end processing • RNA export from nucleus • GO:0015915 транспорт
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


65109


68134

Ensembl


ENSG00000125351


ENSMUSG00000036572

UniProt


Q9BZI7


н/д

RefSeq (мРНК)


NM_023010 NM_080632


NM_026573

RefSeq (білок)


NP_075386 NP_542199


н/д

Локус (UCSC)

Хр. X: 119.81 – 119.85 Mb

Хр. X: 37.09 – 37.11 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

UPF3B (англ. UPF3B, regulator of nonsense mediated mRNA decay) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 483 амінокислот, а молекулярна маса — 57 762^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MKEEKEHRPK	EKRVTLLTPA	GATGSGGGTS	GDSSKGEDKQ	DRNKEKKEAL
SKVVIRRLPP	TLTKEQLQEH	LQPMPEHDYF	EFFSNDTSLY	PHMYARAYIN
FKNQEDIILF	RDRFDGYVFL	DNKGQEYPAI	VEFAPFQKAA	KKKTKKRDTK
VGTIDDDPEY	RKFLESYATD	NEKMTSTPET	LLEEIEAKNR	ELIAKKTTPL
LSFLKNKQRM	REEKREERRR	REIERKRQRE	EERRKWKEEE	KRKRKDIEKL
KKIDRIPERD	KLKDEPKIKV	HRFLLQAVNQ	KNLLKKPEKG	DEKELDKREK
AKKLDKENLS	DERASGQSCT	LPKRSDSELK	DEKPKRPEDE	SGRDYRERER
EYERDQERIL	RERERLKRQE	EERRRQKERY	EKEKTFKRKE	EEMKKEKDTL
RDKGKKAEST	ESIGSSEKTE	KKEEVVKRDR	IRNKDRPAMQ	LYQPGARSRN
RLCPPDDSTK	SGDSAAERKQ	ESGISHRKEG	GEE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транспорт, транспорт мРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2000). Human Upf proteins target an mRNA for nonsense-mediated decay when bound downstream of a termination codon. Cell. 103: 1121—1131. PMID 11163187 DOI:10.1016/S0092-8674(00)00214-2
Serin G., Gersappe A., Black J.D., Aronoff R., Maquat L.E. (2001). Identification and characterization of human orthologues to Saccharomyces cerevisiae Upf2 protein and Upf3 protein (Caenorhabditis elegans SMG-4). Mol. Cell. Biol. 21: 209—223. PMID 11113196 DOI:10.1128/MCB.21.1.209-223.2001
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Kim V.N., Kataoka N., Dreyfuss G. (2001). Role of the nonsense-mediated decay factor hUpf3 in the splicing-dependent exon-exon junction complex. Science. 293: 1832—1836. PMID 11546873 DOI:10.1126/science.1062829
Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2001). Communication of the position of exon-exon junctions to the mRNA surveillance machinery by the protein RNPS1. Science. 293: 1836—1839. PMID 11546874 DOI:10.1126/science.1062786
Gehring N.H., Neu-Yilik G., Schell T., Hentze M.W., Kulozik A.E. (2003). Y14 and hUpf3b form an NMD-activating complex. Mol. Cell. 11: 939—949. PMID 12718880 DOI:10.1016/S1097-2765(03)00142-4

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:20439 (англ.) . Процитовано 13 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q9BZI7 (англ.) . Архів оригіналу за 9 серпня 2017. Процитовано 13 вересня 2017.